Wie bei anderen Autoimmunerkrankungen, sammeln sich auch bei Morbus Bechterew und seiner Frühform bestimmte Abwehrzellen und entzündungsfördernde Botenstoffe in den Gelenken oder im Gewebe, ohne dass dort vermeintliche „Feinde“ wie Bakterien abzuwehren sind.
Als Folge dieser ständigen und übersteigerten Aktivität des Immunsystems entsteht eine chronische Entzündung, die für die typischen Krankheitssymptome verantwortlich gemacht werden kann. Es scheint, dass Botenstoffe wie TNF-α oder Interleukin-17 und -23 eine besondere Rolle bei der Entstehung spielen.